La surveillance s’intéresse à Escherichia coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp. et Staphylococcus aureus dans tous les types de prélèvements réalisés en ville ou en Ehpad indépendant d’un Etablissement de Santé.
Les données recueillies sont :
- Les données démographiques anonymisées des patients (âge, sexe, mode d’hébergement (Ehpad ou domicile))
- L’identifiant de la souche et le type de prélèvement
- L’antibiogramme complet
- Le phénotype de résistance aux béta-lactamines (BLSE, céphalosporinase hyperproduite ou carbapénémase)
Cette collecte de données a fait l’objet d’une déclaration à la Commission Nationale Informatique et Liberté (CNIL, n° 1685003 - v0 datant du 4/07/2013).
Les antibiogrammes provenant des établissements de santé privés et publics, ainsi que les prélèvements à visée de dépistage (recherche de portage) sont exclus de l’analyse.
A la mission PRIMO par téléchargement des fichiers sur l’e-outil MedQual-Ville ou par envoi de fichier brut par e-mail.
L’antibiotype est considéré différent s’il existe, entre les souches comparées et pour au moins une molécule, une différence majeure (S <-> R) de catégories cliniques. Les différences mineures (S <-> I ou R <-> I) n’étaient pas incluses dans la caractérisation des doublons.
Pour une même souche (même bactérie, même prélèvement) :
- Si même antibiotype avec un nombre identique d’antibiotiques testés : le prélèvement le plus ancien est conservé,
- Si même antibiotype avec un nombre différent d’antibiotiques testés : le prélèvement avec le plus de molécules testées est conservé.
Chaque laboratoire est responsable de la qualité des données transmises.
Premier contrôle de données sur la cohérence, le format et le fond du fichier, à l’aide un programme lancé lors du téléchargement des données.
Seconde étape vérification de la cohérence des antibiogrammes reçus selon un algorithme validé par les experts bactériologistes.
Mises en quarantaine des données incohérentes pour contrôle par les experts bactériologistes. Les antibiogrammes sont expertisés selon les recommandations du CA-SFM. Les souches présentant des résistances au C3G ou aux carbapénèmes ou d’un mécanisme de résistance rare ou atypique à d’autres antibiotiques peuvent faire l’objet de demande de renseignements complémentaires auprès des biologistes.
Calcul des pourcentages de résistance selon la méthode décrite en Tableau ci-dessous
Tableau 1 : Description de la méthode de calcul des pourcentages de résistance. Mission PRIMO, France métropolitaine, Résultats 2018.
| Bactéries | Calcul | |
|---|---|---|
| Pourcentages de résistance | Entérobactéries |
1) Calcul du % de souches résistantes à chaque molécule d’antibiotique/ nombre total de souches X100 2) Calcul du % de souches résistantes aux C3G et de BLSE : (Nombre de souches d'entérobactéries avec phénotype étudié/ nombre total de souches d'entérobactéries) X 100 3) Calcul de résistance aux fluoroquinolones : La résistance aux fluoroquinolones était évaluée par le cumul des antibiogrammes de ciprofloxacine, ofloxacine, lévofloxacine. 4) (Nombre de souches R à l’antibiotique testé) / (nombre total de souches) X 100 |
S. aureus |
5 - Calcul du pourcentage de SARM : Nombre de souches de S. aureus résistantes à l’oxacilline/nombre total de souches de S. aureus X 100 |
Les données collectées font l’objet d’un retour sous forme de rapports trimestriels et annuels. Chaque participant peut accéder à ses données sur l’e-outil, ainsi qu’aux données du réseau.
